1. Hội đồng Điều hành

     Cơ cấu tổ chức của bộ máy Học viện là Hội đồng Điều hành có thẩm quyền cao nhất trong tập thể Học viện, có trách nhiệm và quyền tự chủ quyết định những vấn đề quan trọng về tổ chức, nhân sự và tài chính, tài sản của trường, về mục tiêu, tổ chức hoạt động đào tạo nghiên cứu khoa học và kế hoạch phát triển của trường đúng với chủ trương và pháp luật.

    
     1. Viện trưởng danh dự: HT.TS. Thích Minh Châu

     2. Viện trưởng: HT.TS. Thích Trí Quảng

     3. Phó Viện trưởng Học vụ: GS.TS. Lê Mạnh Thát

     4. Phó VT Ngoại vụ: HT.ThS. Thích Giác Toàn

     5. Phó VT Nội vụ: TT.TS Thích Tâm Đức

     6. Phó VT Nhân sự và Tổ chức: TT.ThS. Thích Đạt Đạo

     7. Phó VT Tài chính: TT.TS. Thích Bửu Chánh

     8. Phó VT Kế hoạch&Phát triển: ĐĐ.TS. Thích Nhật Từ

     9. Trưởng phòng Đào tạo: TT.TS. Thích Viên Trí

   10. Trưởng phòng Giáo vụ: ĐĐ.TS. Thích Phước Đạt

   11. Phó Trưởng phòng Đào tạo: ĐĐ.TS. Thích Quang Thạnh, ĐĐ.TS. Thích Giác Hoàng

   12. Phó Trưởng phòng Giáo vụ: ĐĐ.TS. Thích Thiện Quý, NS.TS.Thích Nữ Huệ Liên

   13. Trưởng phòng Công tác Sinh viên: ĐĐ. Thích Quảng Thiện.

   14. Trưởng Ban bảo trợ: ĐĐ. Thích Thanh Phong.

2. Hội đồng Khoa học

     Hội đồng Khoa học, do GS.TS. Lê Mạnh Thát làm chủ tịch, có chức năng quyết định chương trình học, xét tuyển nghiên cứu sinh và các hoạt động nghiên cứu của các Khoa. Hội đồng Khoa học bao gồm thành viên Hội đồng Điều hành, các Trưởng Khoa và một số học giả.

3. Các Phòng và Bộ phận

     3.1. Phòng Hành chính và Đào tạo

            Trưởng Phòng:         TT.TS. Thích Viên Trí
            Phó phòng:               ĐĐ.TS. Thích Quang Thạnh
                                            ĐĐ.TS. Thích Giác Hoàng
            Điện thoại:                3845-2707
            Email:                       administration@vbu.edu.vn
     
     3.2. Phòng Giáo vụ
            Trưởng phòng:          ĐĐ.TS. Thích Phước Đạt
            Phó phòng:               ĐĐ.TS. Thích Thiện Quý
                                            NS.TS. Huệ Liên
            Điện thoại:                3847-8779
            Email:                       academic@vbu.edu.vn

     3.3. Phòng Công tác Sinh viên
            Trưởng phòng:          ĐĐ. Thích Quảng Thiện
            Phó phòng:               SC.TS. Hương Nhũ
            Điện thoại:                0903781064
            Email:                       students@vbu.edu.vn

     3.4. Bộ phận Giám thị
            Tổng giám thị:           ĐĐ. Thích Quảng Lực
            Phó Tổng giám thị:
            Điện thoại:                0908199925
            Email:                       superintendent@vbu.edu.vn

     3.5. Bộ phận Tài chính
            Thủ quỷ:                   NS. Huệ Hạnh
            Kế toán:                    SC. Giác Hương Hạnh
            Thâu ngân:                SC. Huệ Chơn
            Điện thoại:                0903881400
            Email:                       finance@vbu.edu.vn

     3.6. Bộ phận Website & Kỹ thuật
            Trưởng bộ phận:       ĐĐ.ThS. Thích Minh Từ 
            Phó bộ phận:            ĐĐ.ThS. Thích Minh Quang
            Điện thoại:                0902317772
            Email:                       IT@vbu.edu.vn