Thư viện cơ sở 1 và cơ sở 2 của HVPGVN tại TP.HCM là thư viện Phật học lớn nhất tại Việt Nam, gồm hơn 30,000 quyển sách Phật học bằng tiếng Việt, hơn 10,000 đầu sách Phật học bằng tiếng Anh và tiếng Trung, cung cấp nguồn tài liệu nghiên cứu cho các sinh viên, các nhà nghiên cứu và các giảng viên.
Thư tịch của thư viện bao gồm các ngôn ngữ: Việt ngữ, Pali, Anh ngữ, Hán ngữ, Nhật ngữ, Pháp ngữ... Về phân loại, thư viện có các nhóm chuyên ngành chính: Nhóm Tam tạng thánh điển Phật giáo (Pali tạng, Hán tạng, Việt tạng v.v…), nhóm khoa học xã hội, nhóm khoa học và nhân văn. Ngoài ra, còn có nhiều tùng thư, tạp chí và các tài liệu cần thiết cho việc nghiên cứu Phật học