Cơ cấu tổ chức của HVPGVN tại TP.HCM là Hội đồng Điều hành có thẩm quyền cao nhất, có trách nhiệm và quyền tự chủ quyết định những vấn đề quan trọng về tổ chức, nhân sự và tài chính, tài sản của HVPGVN tại TP.HCM, về mục tiêu, tổ chức hoạt động đào tạo nghiên cứu khoa học, thực tập Phật pháp và kế hoạch phát triển của HVPGVN tại TP.HCM.
Viện trưởng
Trưởng lão HT. THÍCH TRÍ QUẢNG
Phó Viện trưởng
HT. Thích Giác Toàn
Phó Viện trưởng
GS.TS. Lê Mạnh Thát
Phó Viện trưởng
HT.TS. Thích Tâm Đức
Phó Viện trưởng
HT.TS. Thích Bửu Chánh
Phó Viện trưởng
TT.TS. Thích Giác Dũng
Phó Viện trưởng
TT.ThS. Thích Thanh Phong
Phó Viện trưởng
TT.TS. Thích Viên Trí
Phó Viện trưởng
TT.TS. Thích Phước Đạt
Phó Viện trưởng
TT.TS. Thích Chơn Minh
Phó Viện trưởng thường trực
TT.TS. Thích Nhật Từ
Phó Viện trưởng - Tổng thư ký
TT.TS. Thích Quang Thạnh
Phó Viện trưởng
TT.TS. Thích Phước Lượng
Phó Viện trưởng
NS.TS. Thích Nữ Như Nguyệt (PV)
Phó Tổng thư ký
TT.TS. Thích Giác Hoàng
Thành viên - Trưởng Phòng Sau đại học
TT.TS. Thích Đồng Văn
Thành viên
HT.TS. Thích Minh Thành
Thành viên - Trưởng Phòng Đào tạo đại học
ĐĐ.TS. Thích Lệ Ngôn
Thành viên - Trưởng Phòng Hành chính
ĐĐ.ThS. Thích Giác Thọ
Thành viên - Trưởng Phòng Công nghệ và Truyền thông
ĐĐ. Thích Ngộ Dũng
Thành viên