Cơ cấu tổ chức của HVPGVN tại TP.HCM là Hội đồng Điều hành có thẩm quyền cao nhất, có trách nhiệm và quyền tự chủ quyết định những vấn đề quan trọng về tổ chức, nhân sự và tài chính, tài sản của HVPGVN tại TP.HCM, về mục tiêu, tổ chức hoạt động đào tạo nghiên cứu khoa học, thực tập Phật pháp và kế hoạch phát triển của HVPGVN tại TP.HCM.

Viện trưởng

Phó Viện trưởng thường trực

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Tổng thư ký - Chánh VP

Phó Viện trưởng - Tổng thư ký

Phó Viện trưởng

Thành viên

Thành viên

Trưởng Phòng Sau đại học

Thành viên

Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng

Phó Viện trưởng thường trực

Phó Viện trưởng - Tổng thư ký

Phó Viện trưởng

Phó Tổng thư ký - Chánh VP

Trưởng Phòng Sau đại học

Thành viên

Thành viên

Thành viên